方法
GWAS-TWAS 整合流程
GWAS 汇总统计 → FUSION TWAS → 基因水平关联
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eQTL 权重 (GTEx v8 骨骼肌, n=803)GWAS 表型(共 28 个)
- Strength (5): 握力(左/右)、步速、肌肉无力、握力横截面积
- Mass (15): 全身去脂体重、四肢瘦体重、躯干/腿/臂去脂体重等
- LeanMuscle (2): 大腿前/后脂肪浸润(方向反转)
- Youth (1): 端粒长度(方向反转)
- Resilience (5): 肌营养不良、其他肌病、肌酸激酶(方向反转)
方向定义
direction_v3 = +1: 高表达 → 健康direction_v3 = -1: 高表达 → 不健康(评分计算时反转)
数据集
| 来源 | 样本数 | 描述 |
|---|---|---|
| GTEx | 803 | 健康对照(尸检) |
| GEO | 668 | 多个肌病研究 |
| Myofin | 154 | Titinopathy、IBM 队列 |
| HuashanMuscle | 97 | DM1、LGMD 中国队列 |